通说认为，妨害传染病防治罪的主观罪过系过失。尽管时下理论上也有人主张这是一个混合罪过甚至是故意的犯罪，但是，笔者认为，该种观点实际上是将故意犯罪的“故意”与一般行为的“故意”相混淆，或将对违法违规的“明知故犯”，想当然地认为是故意犯罪。事实上，从法定刑的规定看，妨害传染病防治罪的法定最高刑仅为7年有期徒刑。如果行为人严重危害传染病防治秩序并导致疫情发生或加剧结果的行为系故意的话，显然不可能规定如此轻的法定刑。另外，妨害传染病防治罪系过失犯罪实际上也已经得到《意见》的佐证。
相较于妨害传染病防治罪，过失以危险方法危害公共安全罪在主观方面同为过失，在客观方面同样可能造成传染病传播或者有传播严重危险，在法定刑的设置上也与妨害传染病防治罪几乎完全相同。厘清两罪的界限成为时下亟待解决的疑难问题。
笔者认为，两罪的区别首先表现为犯罪主体的不同。妨害传染病防治罪的犯罪主体除包括刑法第330条第1款前3项规定的具有防疫职责之特殊主体外，还包括第4项规定的拒绝执行预防措施的一般主体；而过失以危险方法危害公共安全罪的犯罪主体只能是一般主体。当两罪在犯罪主体上出现重合时，行为发生场合的不同则是区分两罪的关键所在。妨害传染病防治罪主要发生于“疫情防控期间”，而过失以危险方法危害公共安全罪主要发生于“日常生活”中。这是基于两罪所侵害的客体不同而决定的，妨害传染病防治罪侵害的客体主要是传染病防控管理秩序，过失以危险方法危害公共安全罪侵害的客体则主要是公共安全。任何在疫情防控期间拒绝执行防疫措施的行为势必对传染病的防控管理秩序造成破坏。因此，在疫情防控期间，过失导致传染病传播或者有传播严重危险的拒绝执行防疫措施行为应以妨害传染病防治罪认定。
实际上，现行刑法中以“场合”作为罪名区分标准的现象并不鲜见，典型的如失火罪、重大责任事故罪和玩忽职守罪，同样是过失导致火灾后果，行为发生在“日常生活”中构成失火罪，行为发生在“生产作业”中则构成重大责任事故罪，行为发生于“行政管理”中则构成玩忽职守罪。与此相同，过失造成传染病传播或者有传播严重风险，行为发生在“日常生活”中构成过失以危险方法危害公共安全罪，行为发生在“疫情防控期间”则构成妨害传染病防治罪。正因为如此，《意见》对于此次新冠肺炎疫情期间发生的拒绝执行防疫措施行为明确规定，除两种特定情形以以危险方法危害公共安全罪认定外，其他情形均以妨害传染病防治罪认定。
